中文大學航空政策研究中心2008 年的評估顯示，港深機場鐵路於財務上不可行。因為以逾500 億元的造價，若每程要收200 元，每年要有2281 萬客次才能達至較保守的3％回報率，這客量已是港機場現時跨境交通客量330 萬人次的7 倍。

3％回報率年需2281 萬客次研究中心以300 億、400 億及500 億元作3 個假設計算項目的可行性，其中500 億元的假設中，按照現時港鐵計算新鐵路的營運模式，若要達3％回報率，以每程收200 元車費，每年需要2281 萬客次；若收400 元，則要1141 萬客次。要有3％回報，中大研究中心更估計要15 年才可達到。

根據機管局資料，現時使用機場跨境交通如渡輪或直巴，08 年只是330 萬人次。因此，即使港深機鐵收400 元，所需客量也要現時使用量的3.5 倍；若收200 元，客量更要增加6 倍。至於香港整體經濟效益方面，中心亦提出質疑，因為難以估算香港失去內地航線擴展商機，以及因應珠三角需求而增加國際航班的此消彼長。若港深機鐵「成功」，作為航運中心的香港，其擴張內地航班的商機必受影響。

中文大學航空政策研究中心副主任羅祥國解釋，有關港深機鐵及珠三角居民使用機場的資料不多，故只能作粗略評估；他呼籲政府提供更多資料，為港深機鐵作更深入的論證。